Phí Và Lệ Phí Thủ Tục Hải Quan 2025: Những Điều Doanh Nghiệp Cần Biết

Trong bối cảnh môi trường kinh doanh toàn cầu ngày càng phức tạp, việc khai báo thủ tục hải quan trở thành một trong những khâu then chốt quyết định chi phí và tốc độ thông quan hàng hóa. Đối với doanh nghiệp xuất nhập khẩu, hiểu rõ các mức phí và lệ phí hải quan áp dụng từ năm 2025 là rất quan trọng để lập kế hoạch dòng tiền, tránh sai sót và tối ưu hóa chi phí. Bài viết dưới đây, với chuyên môn và kinh nghiệm của SNQ Global Logistics, sẽ phân tích chi tiết các loại phí mới khi làm thủ tục hải quan, quyền lợi doanh nghiệp, cũng như cách quản lý chi phí hiệu quả.

1. Khung pháp lý áp dụng phí & lệ phí hải quan năm 2025

Từ ngày 12/10/2025, Thông tư 86/2025/TT-BTC chính thức có hiệu lực, quy định mới về thu, quản lý và sử dụng các phí hải quan đối với hàng hóa nhập khẩu, xuất khẩu và phương tiện vận tải quá cảnh.

Theo đó, những doanh nghiệp khai báo hải quan là đối tượng phải nộp lệ phí khi đăng ký tờ khai, cũng như khi yêu cầu kiểm tra chuyên ngành hoặc giám sát hải quan.

Đây là sự điều chỉnh quan trọng so với khung phí trước đây, ảnh hưởng trực tiếp đến chi phí hoạt động logistics của doanh nghiệp.

2. Các loại phí & lệ phí chủ yếu khi khai báo thủ tục hải quan

Dưới đây là các loại phí cơ bản doanh nghiệp cần lưu ý:

• Phí đăng ký tờ khai (declaration registration): Mức phí là 20.000 đồng/tờ khai cho hàng hóa xuất, nhập hoặc phương tiện ra/vào lãnh thổ.

• Phí kiểm tra – giám sát – tạm dừng thủ tục hải quan: Áp dụng khi có dấu hiệu xâm phạm quyền sở hữu trí tuệ hoặc cần mở kiểm tra chuyên sâu; mức phí là 200.000 đồng/đơn yêu cầu.

• Lệ phí quá cảnh hàng hóa (transit): Nếu hàng hóa đi qua lãnh thổ Việt Nam, doanh nghiệp nộp 200.000 đồng/tờ khai.

• Lệ phí phương tiện quá cảnh – đường bộ: Với phương tiện như ô tô, đầu kéo, máy kéo, mức phí là 200.000 đồng/xe.

• Lệ phí phương tiện quá cảnh – đường thủy: Áp dụng cho tàu, ca nô, xà lan…, phí là 500.000 đồng/xe.

• Lệ phí “ATA Carnet”: Nếu sử dụng hình thức tạm xuất tạm nhập theo Carnet ATA, lệ phí là 1.000.000 đồng/sổ, và nếu cấp lại là 500.000 đồng.

3. Ảnh hưởng của các thay đổi phí đến doanh nghiệp

3.1 Tác động chi phí

Việc tăng hoặc điều chỉnh phí hải quan như trên có thể làm chi phí logistics tăng, đặc biệt với các doanh nghiệp khai báo nhiều lô hàng nhỏ hoặc tờ khai quá cảnh. Chi phí phát sinh từ lệ phí tờ khai và kiểm tra chuyên ngành có thể ảnh hưởng tới lợi nhuận nếu không được dự trù.

3.2 Tác động dòng tiền

Vì phí phải nộp khi đăng ký tờ khai hoặc khi nộp đơn kiểm tra, doanh nghiệp cần quản lý dòng tiền chặt hơn, tránh trường hợp bị gián đoạn do thiếu khả năng thanh toán kịp thời.

3.3 Chiến lược tối ưu

Để giảm tác động chi phí, doanh nghiệp nên hợp tác với các nhà cung cấp dịch vụ hải quan uy tín như SNQ Global Logistics, tận dụng chuyên môn của đội ngũ để xác định các tờ khai chung, sử dụng hợp lý cơ chế quá cảnh hoặc tạm nhập tái xuất, và tránh các chi phí không cần thiết bằng cách phân loại rủi ro kiểm tra ngay từ đầu.

4. Cập nhật về thuế GTGT và ảnh hưởng hải quan 2025

Từ ngày 1/7/2025 đến 31/12/2026, theo Quyết định 204/2025/QH15, thuế giá trị gia tăng (VAT) một số nhóm hàng nhập khẩu giảm từ 10% xuống còn 8%.

Khi khai báo thủ tục hải quan trên hệ thống VNACCS/VCIS, doanh nghiệp cần chọn mã VB245 tại mục “mức thuế/thuế suất và các khoản thu khác” để áp dụng mức VAT 8%.

Sự thay đổi này đồng nghĩa với việc doanh nghiệp nhập khẩu có thể tiết kiệm chi phí thuế, nhưng cũng cần đảm bảo khai báo chính xác để không bị xử lý sai sót sau thông quan.

5. Vai trò của SNQ Global Logistics trong việc giảm thiểu rủi ro chi phí

SNQ Global Logistics đóng vai trò quan trọng là cầu nối giữa doanh nghiệp và cơ quan hải quan, với các lợi thế nổi bật:

• Tư vấn chuyên sâu: Đội ngũ chuyên gia hải quan nắm bắt cập nhật mới nhất của Thông tư 86/2025/TT-BTC và luật thuế, giúp doanh nghiệp khai báo chính xác, tránh mức phí không cần thiết.

• Khai báo trọn gói: SNQ Global Logistics cung cấp dịch vụ khai báo hải quan đầy đủ — từ đăng ký tờ khai, phân loại HS code đến lựa chọn mã thuế phù hợp — giúp giảm sai sót và rủi ro kiểm tra.

• Quản lý chi phí linh hoạt: Công ty hỗ trợ doanh nghiệp giám sát chi phí hải quan theo lô hàng, tối ưu việc thanh toán định kỳ nếu có nhiều tờ khai trong tháng.

• Hỗ trợ 24/7: Với cam kết tư vấn và hỗ trợ xuyên suốt, SNQ Global Logistics giúp doanh nghiệp giải quyết nhanh các vấn đề phát sinh trong quá trình khai báo và nộp lệ phí.

Việc nắm vững các mức phí và lệ phí khai báo thủ tục hải quan theo quy định mới của Thông tư 86/2025/TT-BTC là rất cần thiết để doanh nghiệp xuất nhập khẩu tối ưu chi phí và dòng tiền. Sự thay đổi về thuế VAT cũng tạo cơ hội tiết kiệm, nhưng đòi hỏi khai báo chính xác trên hệ thống hải quan. Bằng cách hợp tác với SNQ Global Logistics, doanh nghiệp có thể tận dụng lợi thế kiến thức chuyên môn, quy trình khai trương gọn gàng và khả năng quản lý chi phí hiệu quả. Chỉ khi chi phí được kiểm soát, doanh nghiệp mới thực sự khai thác tối đa tiềm năng kinh doanh quốc tế.